Několik let po událostech v prvním Risen, pokračování vrhne hráče do zničeného světa, kde řádící titáni zničili planetu a způsobili lidstvu téměř vyhynutí. Současně s tím se z hlubin moře vynořily obrovské vodní příšery, které začaly útočit a zastavily téměř veškerou námořní dopravu. Hrdina, nový člen inkvizice, je poslán, aby zjistil jako zastavit tento chaos způsobený monstry z hlubin moře. Jeho úkol začíná s povídačkami, které znají jenom piráti jižních ostrovů.
Spolu s novým pirátským prostředím, Risen 2: Dark Watres, kombinuje milované prvky RPG z originálního Risen spolu s novými tématy a prostředím nejrůznějších ostrovů. Risen 2: Dark Watres zůstává stále tou akční hrou jako předchozí titul.